Вы высказываете очень правильные суждения. Действительно при аннигиляции электрона и позитрона происходит аннигиляция заряда и при этом выделяется ЭМ излучение. Давайте проследим, как это происходит. Если заряды находятся на каком-то расстоянии друг от друга, то они обладают потенциальной энергией, которая заключена в их полях, и эта энергия максимальна, когда заряды находятся на бесконечно большом расстоянии. Если совместить электрон и позитрон, то полей не будет. Но для этого необходимо, чтобы та энергия, которая была заключена в их полях, куда-то улетучилась. Этот процесс превращения потенциальной энергии полей в энергию ЭМ волн происходит следующим образом. Электрон и позитрон начинают осуществлять взаимные колебания вокруг центра масс. При каждом очередном колебании уменьшается максимальное расстояние между зарядами и в пространство выбрасывается энергия ЭМ волн, но при этом уменьшается энергии, заключённая в полях зарядов, поскольку энергия полей диполя меньше, чем энергия отдельных зарядов. В этом процессе амплитуда взаимных колебаний постоянно уменьшается, а частота растёт, поскольку масса самих зарядов, заключённая в их полях, всё время уменьшается. Поэтому и происходит аннигиляция электрических полей электрона и позитрона. В литературе по электродинамике постоянно обсуждается вопрос, какую долю массы электрона составляют его электрические поля. Аннигиляция электрона и протона указывают на то, что вся их масса заключена в их полях, а сам процесс является аннигиляцией электрических полей.
Когда электрон приближается к протону, пытаясь образовать атом, то Вы правы в том, что при этом тоже происходит аннигиляция электрических полей и с увеличением скорости электрона, причём убыль электрической энергии полей и электрона и протона одинакова, но эта убыль идёт на ускорение только электрона в связи с тем, что его масса значительно меньше, чем у протона. Это означает, что по отношению к протону поперечные поля электрона начинают увеличиваться, восполняя потерю энергии полей за счёт интерференции полей протона и электрона.