Самым первым точно известным владельцем книги был Георг Бареш - алхимик, живший в Праге в начале XVII века. Бареш, по-видимому, был также озадачен тайной этой книги из его библиотеки. Скопировав фрагмент, он послала рукопись Атанасиусу Кирхеру, знаменитому ученому из Рима. Вот это самое письмо Бареша (1639)и стало первым упоминанием о манускрипте.
После смерти Бареша книга перешла его другу — Иоганну Маркусу Марци, ректору Пражского университета. Марци предположительно отослал её Кирхеру, своему давнему другу.
Дальнейшие 200 лет судьбы Рукописи неизвестны, но наиболее вероятно, что она хранилась вместе с остальной перепиской Кирхера в библиотеке Римской коллегии (ныне Григорианский университет). Однако, когда войска Виктора Эммануила II в 1870 году захватил город и присоединил Папское государство к Итальянскому королевству, множество книг из секретного фонада библиотеки были спешно перенесены в библиотеки сотрудников.
В 1912 году Римская коллегия нуждалась в средствах и решила в строжайшей тайне продать часть своей собственности. Вилфрид Войнич приобрёл 30 рукописей, среди прочего и ту, которая сейчас носит его имя.В Викепедии приводятся догадки о возможном авторстве рукописи Войнича, которые выводят на след монахов-алхимиков.
Так,сопроводительное письмо Марци Кирхеру 1665 года гласит, что, согласно словам его умершего друга Рафаэля Мнишовски (Raphael Mnishovsky), книга в своё время была приобретена Императором Рудольфом II (1552—1612) за 600 дукатов (несколько тысяч долларов на современные деньги). Согласно этому письму, Рудольф (или, возможно, Рафаэль) считал, что автор книги — знаменитый и разносторонне одарённый францисканский монах Роджер Бэкон (1214—1294).
Предположение о том, что Роджер Бэкон являлся автором книги, привело Войнича к выводу, что единственный человек, который мог продать манускрипт Рудольфу — это Джон Ди, математик и астролог при дворе королевы Елизаветы I, известной также тем, что она имела большую библиотеку рукописей Бэкона. Ди и его scrier (помощник-медиум, использующий для вызова духов хрустальный шар или другой отражающий предмет)
Компаньон Джона Ди в Праге, Эдвард Келли, был алхимиком-самоучкой, утверждавшим среди прочего, что может превратить медь в золото с помощью секретного порошка, обнаруженного им в могиле епископа в Уэльсе. Эдвард Келли также утверждал, что может вызывать ангелов с помощью магического кристалла и иметь с ними продолжительные беседы, которые Джон Ди аккуратно записывал в своём дневнике. Язык ангелов был назван енохианским, от имени Еноха, библейского отца Мафусаила, который, согласно легенде, был взят в путешествие в рай ангелами, и позже написал книгу о том, что он там видел.
Все даты, предполагаемых авторов манускрипта крутятся в районе 14-15 века и, что, примечательно, даты и имена связаы с монахами-алхимиками, которые в свою очередь, уводят в тайное, строго законспирированное масонство Розенкрейцеров.
Смею предположить, что истинным создателем манусрипта в 15 веке, был самый жестокий инквизитор средневековья Томас Торквемада, - воплощённый Мёртвый Отец, Дьявол Калигастия:

Все воплощения Дьявола Калигастии, от Аттилы, Чингисхана, Ивана Грозного и до Сталина, отличались проявлением крайней и необыкновенной жестокости.
На догадку о авторстве рукописи монаха Томаса Торувемады, меня сподвигнула книга русского философа-метаисторика Даниила Андреева, который прямо указывал в своей книге,что монах Томас Торквемада есть воплощенный Дьявол и Отец инопланетной расы.
Единственно,до чего не мог додуматься провиденциальный гений Даниила Андреева, что Дьявол - это Мёртвый Отец.