Что случилось с этой святыней в дальнейшем - одна из наибольших загадок истории. Известно, что во Втором Храме ковчега уже не было.
Библейская Вторая Книга Маккавеев приводит сведения, что пророк Иеремия, руководствуясь повелением Бога, спрятал ковчег на горе Нево: «Было также в писании, что сей пророк, по бывшему ему Божественному откровению, повелел скинии и ковчегу следовать за ним, когда он восходил на гору, с которой Моисей, взойдя, видел наследие Божие. Придя туда, Иеремия нашел жилище в пещере и внес туда скинию и ковчег и жертвенник кадильный, и заградил вход. Когда потом пришли некоторые из сопутствовавших, чтобы заметить вход, то не могли найти его. Когда же Иеремия узнал о сем, то, упрекая их, сказал, что это место останется неизвестным, доколе Бог, умилосердившись, не соберет сонма народа. И тогда Господь покажет его, и явится слава Господня и облако, как явилось при Моисее, как и Соломон просил, чтобы особенно святилось место» (2 Макк. 2:4-8).
Гора Нево - одно из важных мест, в которых разворачивались библейские события. Гора, которая находится к востоку от северной оконечности Мертвого моря, расположена на высоте 817 метров над уровнем моря, на территории современной Иордании. В старозаветной Книге Второзакония описывается последний день земной жизни пророка Моисея. По велению Синьоры Моисей взошел на гору Нево, чтобы взглянуть на Землю обетованную, в которую Бог не позволил ему войти. Там же, на горе Нево, Моисей умер, «приложившись к народу своему», то есть к сообществу Божьих праведников, там он и был похоронен Богом.
На горе сохранились следы позднейших построек, призванных сохранить память об этом событии, - остатки церкви, построенной в конце IV века, как считается, на месте кончины Моисея, и остатки монастыря IV-VI веков.
Другое место локализации ковчега нам подсказывает книга, именуемая иудеями устной Торой. Талмуд говорит о том, что ковчег был спрятан по указу царя Иосии под краеугольным камнем мироздания, расположенным в святая святых храма Соломона или в другом месте храма. Есть и другое мнение - что ковчег все же попал в Вавилон вместе с пленными израильтянами.
Еще одно авторитетное мнение - свидетельство Эфиопской православной церкви о том, что ковчег сохраняется священниками собора Святейшей Девы Марии Сиона в городе Аксуме. Копии реликвии имеются в каждом эфиопском храме. Они выносятся ежегодно во время одного из церковных праздников. О том, как ковчег попал в Эфиопию, рассказывает эфиопский литературный источник XIV века «Кебра Нагаст» - «Слава царей». Согласно этому тексту, сын царя Соломона и царицы Савской, Македы,
Байна-Легкем, позже ставший царем Менеликом и основателем династии эфиопских негусов, тайно перенес ковчег в Эфиопию, в один из храмов бывшей столицы страны, Аксума. Это не единственная версия того, как ковчег Завета попал в Эфиопию. Есть мнение, что святыню вынесли из храма сами храмовые священники - когены. Случилось это в правление царя Манассии. Когены опасались, что царь может осквернить святыню.
Опасаться было чего: царь Манассия впал в идолослужение, поставил идолов, подражая кровавым жестоким языческим культам Ближнего Востока, которые предусматривали человеческие жертвоприношения, отступив от простых и ясных заповедей Торы. Он даже установил жертвенники Ваалу и Астарте - языческим божествам, и жертвенники небесным светилам в самом святом месте Израиля - в Храме Господнем.