В периоды междупатриаршества, которые могут возникнуть в случае кончины Патриарха, его ухода на покой и т.п., Русской Церковью управляет Священный Синод во главе Местоблюстителем Патриаршего Престола. Согласно “Положению” 1945 г. (п. 12) им становился старейший по хиротонии постоянный член Синода (в 1970 г. это был митрополит Крутицкий и Коломенский Пимен, через год избранный Патриархом). Устав 1988 г. (гл. IV. п. 13) изменил данную практику: теперь Местоблюститель избирается Священным Синодом из числа его постоянных членов. Устав 2000 г. внес в этом отношении лишь небольшую поправку: теперь председательствующим на избирательном заседании Синода является не Киевский митрополит, а старейший по хиротонии постоянный член Синода. Данная норма является возвращением к решениям Собора 1917-1918 гг., с той лишь разницей, что Определение “о Местоблюстителе Патриаршего Престола” от 28.VII/10.VIII.1918 предусматривало в данном случае заседание соединенного присутствия Синода и Высшего Церковного Совета (последнего органа, включавшего в свой состав, помимо архиереев, избранных Поместным Собором представителей клира и мирян, ныне не существует в РПЦ) и прямо предписывало тайное голосование (Уставы 1988 и 2000 г. предоставляет Синоду право самостоятельно установить процедуру голосования).
Поместный Собор для избрания нового Патриарха согласно букве Положения 1945 г. и Уставов 1988 и 2000 гг. должен созываться не позднее 6 месяцев после кончины (ухода на покой и т.п.) предыдущего Патриарха. Поместный Собор 1917-1918 гг. предписывал в данном случае более короткий, трехмесячный, срок (в случае совпадения с периодом Великого Поста и Пасхальной седмицы дозволялось продлевать его до праздника Преполовения).
Процедура избрания на Собор делегатов от клира, монашествующих и мирян и их квота по Уставу 1988 г. устанавливалась Синодом, а Уставу 2000 г. – Архиерейским Собором. Заседание Священного Синода 10 декабря 2008 г. приняло “Положение о составе Поместного Собора”, которое, видимо, согласно букве Устава 2000 г., будет утверждено Архиерейским Собором 25-26 января 2009 г., который будет предшествовать Собору Поместному. Традиция, когда Поместному Собору предшествовал Архиерейский (в 1971 и 1988 гг. – Архиерейские совещания), первоначально сложившаяся de facto, в Уставах 1988 и 2000 г. была закреплена de jure: Архиерейский Собор отныне несет ответственность за подготовку Поместного Собора, утверждает проект программы, повестку дня, регламент заседаний и структуру последнего, а также вносит предложения по процедуре избрания Патриарха. Окончательное решение по данным по вопросам, согласно букве Устава 2000 г., принадлежит все же самому Поместному Собору (гл. II. пп. 2, 5-е). Важно отметить, что Собор 1917-1918 гг. в своих постановлениях не предусматривал отдельных Архиерейских Соборов как таковых (за исключением Архиерейского Совещания в составе действующего Поместного Собора) и само это понятие было введено лишь “Положением” 1945 г.
Уставы РПЦ 1988 и 2000 гг. касательно процедуры избрания Патриарха прямо предписывают ее проведение в рамках закрытого заседания, оставляя прочие моменты на усмотрение самого Поместного Собора, который должен принимать в расчет рекомендации Архиерейского Собора по этому поводу. Принятие в 1988 г. “Устава об управлении РПЦ” и произошедшие в годы “перестройки” общественно-политические изменения позволили на Поместном Соборе 1990 г., когда Патриархом был избран Алексий (Ридигер), вернуться ко многим нормам Собора 1917-1918 гг., в т.ч. к процедуре тайного голосования при выборах Патриарха. Важно также отметить, что выбор происходил из 3-х кандидатов, предложенных Архиерейским Собором (для выдвижения дополнительных кандидатов не хватило голосов). Процедура тайного голосования не прописана в Уставе 2000 г. (как и в Уставе 1988 г.), однако, как было заявлено по итогам заседания Священного Синода 24 декабря 2008 г., порядок избрания будет в целом повторять процедуру выборов 1990 г., т.е. голосование будет тайным.