Вскоре после выздоровления от умственного помешательства, в 1696 году Ньютон становится смотрителем Монетного двора. Здесь он столкнулся с большим ворохом проблем, одна из которых была связана с технологией чеканки монет. Как человек, знающий химию, металлургию и механизированные прессы, Ньютон попытался решить данную проблему самостоятельно. Но у него нашелся научный оппонент, который начал оспаривать технологические процедуры чеканки. Спор перешел все границы вежливости, дошел до оскорблений, причем в него были втянуты многие важные персоны, парламент и даже Королевский Двор. Ньютон, как было сказано, не терпел никаких возражений, тем более обвинений, будто он занимается выпуском неполноценных, чуть ли не фальшивых денег. Была назначена высокая комиссия, которая, однако, признала правоту за оппонентом Ньютона по фамилии Шалонер.
Комиссия заключила, что он «убедительно показал прекрасный метод чеканки денег, который, несомненно, предотвратит фальшивомонетничество». Автор этой передовой технологии чрезвычайно обрадовался и стал подозревать Ньютона в неком злом умысле. В ответ на это «прославленный геометр», как тогда называли «прославленного физика», нанял нескольких квалифицированных сыщиков, чтобы те раздобыли ему компрометирующий материал на Шалонера. Они исполнили свое дело добросовестно, в результате чего Шалонер был обвинен в мошенничестве. Когда он, ничего не подозревая, появился в расположении Монетного двора, Ньютон приказал своим людям схватить его и бросить в тюрьму. Шалонер, естественно, возмутился и поднял шум. Особая комиссия признала действия Ньютона необоснованными и узника выпустили на свободу.
Все это происходило в течение 1697 года, а в 1698 году собралась новая комиссия, чтобы рассмотреть претензии Шалонера о самоуправстве Ньютона. Теперь уже Ньютон подготовился к заседанию комиссии особенно тщательно. Он не пожалел денег на поиск и приобретения доказательств, свидетельствующих о «нечистоплотности» Шалонера, разослал по всей стране гонцов, где когда-либо бывал Шалонер, чтобы те доставили в Лондон «свидетелей его мошенничества». Кто были эти люди, насколько они были честны и неподкупны, никто сейчас не знает. Что было правдой в их показаниях, а что подтасовано и сфабриковано, тоже не известно. Как велось расследование в комиссии, насколько она была объективна, нам опять же судить трудно. Достоверно известно одно, в итоге всех разбирательств Ньютон одержал победу: большинство «свидетелей» и большинство членов комиссии заняли в монетном споре сторону главы Монетного двора.
В конце 1698 года Шалонер был признан виновным и взят под стражу. Больше того, Ньютон как-то ухитрился доказать, что Шалонер является опасным государственным преступником, который будто бы подорвал денежную систему страны. Шалонер, конечно, не признавал себя виновным и молил о пощаде, в том числе просил самого Ньютона. В одном письме, которое он написал ему из тюрьмы, говорилось: «... Я ни в чем не виновен и не знаю, почему меня держат в такой строгости. Возможно, сэр, Вы были очень недовольны мной в связи с этим последним делом в парламенте, но если бы Вы знали правду, Вы бы не сердились на меня, ибо это было задумано другими людьми против моего желания. Сэр, ... прошу не держать на меня зла, ибо я уже очень сильно пострадал. Полностью вверяю себя Вашей великой доброте».
Шалонер жестоко просчитался, понадеявшись на доброту и благородство Ньютона; тот был невероятно черств и беспощаден. Малого того, что он подверг Шалонера унизительной пытке заключения в тюрьму, он также распорядился, чтобы к заключенному в камеру посадили соглядатая. Тот донес Ньютону, что Шалонер якобы в сердцах сказал, что «будет преследовать эту старую собаку, смотрителя Монетного двора, пока будет жив». Используя подобные варварские методы, Ньютон, в конце концов, добился того, чтобы несчастного заключенного осудили на казнь. 3 Марта 1699 года Шалонеру был вынесен приговор, согласно которому «государственного преступника» должны были не просто казнить, а умертвить очень страшной и мученической смертью.
Научный оппонент Ньютона, которого тот сделал государственным преступником, был достаточно богатым и влиятельным человеком. Через своих адвокатов он направил письмо королю следующего содержания: «Всемилостивейший государь, меня собираются казнить... худшей из смертей... если только я не буду освобожден Вашими всемилостивейшими руками. Государь, умоляю, отмените это беспрецедентное решение. Дорогой государь, сделайте это благое дело. О! я умоляю Вас сжалиться надо мной. О! ради Бога, если не ради меня, спасите меня от казни, никто не может спасти меня, кроме Вас, о Господи Боже! Меня казнят, если Вы не спасете меня. О! я надеюсь, Бог смягчит Ваше сердце милостью и состраданием... Я, почти казненный, Ваш покорный слуга, В. Шалонер».