Атом может быть и замкнутой и изолированной системой, но может и взаимодействовать с другими атомами и с ЭМ полями.
Это сон про не сон. "Может - не может". ВСЕГДА открытая, взаимодействующая с внешним система.
Энергия атома частично потенциальная, частично кинетическая.
Ну, кинетическая - это энергия частиц в состав входящих, езлив система покоится. А вот "потенциальная". Сугубо математическая абстракция. Типа тело поднятое на высоту (с затраченной на это поднятие работой) имеет такую-то "потенциальную энергию" - может совершить ту же работу свалившись с этой высоты. Мудро задумано древними. И если кинетическая РЕАЛЬНО отражается на массе системы - в виде дефекта. То потенциальная, никак. Но полезна токмо в математических вычислениях.
При переходе электрона на нижнюю орбиту его кинетическая растёт, а уменьшается потенциальная.
Никаких фотонов нет, нет и "дефекта массы" - энергия и масса не эквивалентны, это разные свойства материи.
Электрон сваливается на низший энергетический уровень только потому, что там ему энергетически более выгодно находиться. Закон наименьшего действия. Работающий в паре с ЗСЭ. И потому, что энергия ни куда не исчезает. И другой атом, находящийся хоть на краю вселенной в своё время излучил фотон, когда электрон в нём так же свалился. Первый атом, этот фотон словивший, перейдёт в состояние, в котором его электрон перепрыгнет на более высокий энергетический уровень. И так всегда и везде. А вы, де "фотонов нет". И атом - "закрытая система". Вся вселенная - открытая система. И всё в ней существующее. Вы в курсе, как открыли гелий? Прямиком на Солнце. Не лазая туда. А анализируя спектр излучения. Фотонов. Который для кажного элемента имеет свои характерные особенности. В точности отражающие эти прыжки электронов с орбитали на орбиталь. Так, что можно по ним судить о химическом составе звёзд далеко - далеко. А вы всё с Ньютоном каким-то застряли в допотопных представлениях древних. Пытаясь его примерять на непримиримое.
ЗЫ. Без тупого фанатизма, проявленного "гением", дорвавшимся до чужого добра стыривши. Эквивалентность энергии массе и наоборот - весьма полезная штука. Смотря КАК её понимать. Не тупо, что энергия - это масса, а масса - это энергия. А так, что энергетический эквивалент массы покоя частички в-ва - естественный предел для кинетической энергии её же. И т. д., о чём я в теме неоднократно. При абсолютном соблюдении ЗСЭ в любой собственной СО. А не в извращённой "гением" и примазавшимися ныне фунциклирующей "релятивистской механикой", в которой этот закон нагло и безбожно попирается кагальными упырями.