Довольно скорая реакция последовала и с церковной стороны. Кажется, у Москвы появился еще один конкурент кроме Бессарабской митрополии. Министерство юстиции Молдовы сообщило журналистам, что в ведомство поданы документы на регистрацию автокефальной Митрополии, которая не будет зависеть ни от Русской, ни от Румынской Православных Церквей, но будет сотрудничать с Константинопольским Патриархатом.
Однако первую, совсем небольшую победу Русской Церкви в Молдове и связанным с ней общественным силам, несмотря на сопротивление оппонентов, все же удалось одержать. В конце июня правительство страны постановило, что школьники с 4-го по 11-й класс будут изучать православную культуру, правда, в факультативном режиме. Причем компромиссное решение принято, по словам министра просвещения Леонида Бужора, только после консультаций с различными религиозными организациями, в том числе и Бессарабской митрополией РумПЦ.
Если в Молдове Церковь с головой ушла в стихию свободной политической конкуренции, то в Украине при новом президенте она пользуется всеми преимуществами, какие дает близость к правящей партии. При этом власти иногда приходится выслушивать упреки в пристрастности новой украинской политики в отношении Церквей. Председатель Государственного комитета Украины по делам национальностей и религий Юрий Решетников заявил на пресс-конференции 25 июня, что президент Виктор Янукович с самого начала пребывания в должности отметил свое одинаковое отношение ко всем имеющимся в Украине религиозным организациям. Решетников сообщил, что президент действительно отдает предпочтение Московскому Патриарху – но только как частное лицо своему духовному пастырю. Однако наблюдатели отмечают, что Янукович не участвует в мероприятиях других Церквей. Скажем, бывшие президент Виктор Ющенко и премьер Юлия Тимошенко демонстрировали свое внимание Киевскому Патриархату, Украинской Автокефальной Православной Церкви и Греко-Католической Церкви более явно. Как только Янукович стал президентом, сошли на нет попытки УПЦ МП наладить диалог с "раскольническими" Церквами. Начало этого диалога активно обсуждалось в СМИ прошлым летом.
Активисты националистического движения УНА-УНСО заявили 30 июня, что готовятся сорвать визит Патриарха Кирилла в Украину, запланированный на третью декаду июля. Священнослужитель Киевского Патриархата протоиерей Сергей Ткачук обратился к украинским радикалам: "Церковь призывает вас, нашу паству, проявить сознательность, мужественность и достойно встретить непрошеного гостя, который нагло, по-татарски рвется на нашу украинскую землю. Кирилл хочет построить в Украине "русский мир". Если мы этого не хотим – то мы не только не позволим построить в Украине "русский мир", но сделаем все для того, чтобы этот "русский мир" исчез". Сам Киевский Патриарх Филарет (Денисенко) в тот же день призвал Патриарха Кирилла не делать в Украине политических заявлений.
Даже там, где православных верующих совсем немного и они полностью отождествляют себя с Русской Церковью, Московский Патриархат ожидают трудности. В странную, загадочную историю оказалась замешана РПЦ в Закавказье. В городе Степанакерт, административном центре Нагорного Карабаха, 18 июня был заложен русский православный храм. В церемонии принимал участие сотрудник Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата священник Александр Васютин. Видимо, из-за сходства имен некоторые СМИ допустили ошибку, "отправив" в непризнанную республику епископа Бакинского и Прикаспийского Александра (Ищеина). Последовала резкая реакция МИД Азербайджана, а также Бакинской епархии. Вскоре после этого епископ Александр дал интервью информационному агентству The First News, в котором очень комплиментарно отозвался о политике властей Азербайджана в отношении религиозных общин. Видимо, это интервью, не упоминая напрямую об ошибке журналистов, должно было сгладить неприятное "послевкусие" от нее.