Всего к 22 июня 1941 года в составе флота находилось 211 подводных лодок следующих типов: Д- 5 ед., Л- 19 ед., П- 3 ед., Щ- 73 ед., С- 16 ед., М- 78 ед., К- 6 ед., Б (бывшая "Пантера") - 1 ед., А(бывшая АГ) 5 ед., "L -55" - 1 ед., "Ронис" - 2 ед., "Калев" - 2 ед. .Таким образом, СССр располагал подводным флотом, значительно превосходившим по численности флот любого гос.-ва мира. Однако, внезапность нападения Германии, тяжелое положение на сухопутных фронтах и глубокое отступление советских войск на начальном этапе войны привело к нарушению системы базирования подводных лодок, утрате имевшегося превосходства. Особенно в тяжелом положении оказались Балтийский и Черноморский флоты.
И все же высокие конструктивные данные, отличная морская выучка и стойкость экипажей сделали наши подводные лодки в годы войны грозной боевой силой. Тактические приемы, используемые командирами советских субмарин, были весьма своеобразны. Артиллерийский бой, прорыв в гавань противника и торпедная атака транспортов, стоящих у причалов, залповая стрельба по секторам, выход в торпедные атаки со стороны берега и малых глубин. Высока была эффективность использования подводных лодок для постановки минных заграждений. Только достоверно подтвержденные потери противника на минах, поставленных подводной лодкой "Лембит", - 3 транспорта и 8 боевых кораблей, а на минах, выставленных подводной лодкой "Л-3", - 7 транспортов и 4 боевых корабля.
В ходе Вел. ОТ. войны наши подводные лодки, возвращаясь с базы, выстрелами извещали о числе потопленных кораблей противника, а их экипажам на берегу готовили обед с соответствующим количеством зажаренных поросят. Так рождались новые флотские традиции. Знаменательным событием в истории наших подводных сил стал приказ Народного комиссара ВМФ СССР адмирала Николая Герасимовича Кузнецова №170 от 12 июля 1942 г. об установлении "Нагрудного знака командира подводной лодки". Тем самым было восстановлено ношение специального нагрудного знака для офицеров подводного плавания, введенное приказом по морскому ведомству в 1909 г.. Новый знак - изящная серебрянная командирская"лодочка" с рубиновой звездой под рубкой, привинченная над правым карманом кителя. Тем же приказом Наркома ВМФ был установлен также особый знак за потопление кораблей противника для отличившихся в боях с фашистами командиров подводных лодок, который стал знаком их профессионального отличия, предметом особой гордости, свидетельством высочайшего воинского мастерства офицера, которому было доверено командовать советской подводной лодкой.