Василий Иванович отличался независимостью суждений и часто вступал в полемику с начальством. Поэтому заработал репутацию "партизана". Могущественный председатель Реввоенсовета республики Лев Троцкий объявил беспощадную борьбу партизанщине и сразу невзлюбил Чапаева.
Расправлялся Троцкий с начдивом изощренно: сначала вручил золотые часы с гравировкой "За храбрость", а буквально на следующий день перевел в другую дивизию. Прибыв на новое место, Василий Иванович не обнаружил там никакой дивизии. Оказалось, что он должен был ее сначала сформировать. Очевидно, Лев Давидович сделал ставку на взрывной характер Чапаева, который, безусловно, должен был возмутиться коварством начальства. Но лихой рубака не оправдал "надежд", а в рекордно короткие сроки сформировал дивизию в составе почти 14 тысяч человек.
Писатель Борис Зотов, многие годы изучавший архивы, относящиеся к боевой деятельности и гибели В.И. Чапаева, озадачился некоторыми несообразностями в судьбе начдива. К примеру, как командование белых узнало об отрыве чапаевского штаба от своей дивизии.
В ночь нападения казаков на станицу Лбищенскую по чьему-то приказу были сняты дополнительные караульные посты. Есть все основания предполагать, что белые получили информацию о местонахождении чапаевского штаба от командования Красной Армии.
В архивах сохранились донесения о том, что авиационная разведка красных, совершая облеты степи, обнаружила казачий корпус в камышах. Доклад об этом сразу поступил в штаб армии, но эта важная информация почему-то так и не вышла за его стены.