По представлениям синтетической теории эволюции, для обоснования появления всего морфологического и функционального разнообразия биоты достаточно описать эволюцию генома. Основным положением неодарвинизма является утверждение, что любому наследуемому фенотипическому изменению, то есть изменению внешних признаков организма предшествует модификация генома. Биологические организмы в описываемом теорией механизме эволюции играют лишь роль внешних воплощений, оболочек генома, тестеров, необходимых исключительно для реализации отсева его неудачных вариаций и закрепления удачных.
Одним из основных выводов такой неодарвинистской логики является утверждение, что биологическую эволюцию в принципе можно проследить исключительно на уровне генома, как последовательность мутаций, не обращаясь к фенотипической, внешней его реализации в виде реальных организмов.
Однако такое описание никоим образом не согласуется с данными многочисленных исследований соответствия генотипа фенотипу. Известно огромное количество примеров, когда один и тот же признак даже у родственных видов «связан» с различными генами или, наоборот, один и тот же ген у разных видов может определять разные признаки. Исследование параллелизмов, то есть независимого, параллельного появления морфологических особенностей у неродственных видов, показало, что эти сходства основаны в большей степени на единстве механизма онтогенеза, а не на генетическом подобии (Шмальгаузен).
То есть фактически налицо картина, обратная той, которую предполагает неодарвинизм: мы наблюдаем преемственную, последовательную эволюцию фенотипов (отчетливо прослеживающуюся на уровне классов) и случайно-изменчивое, непоследовательное отображение эволюции в геномах видов. Это ярко иллюстрируется хотя бы фактом слабой корреляции между различиями фенотипических признаков и различиями геномов отдель¬ных видов: сильно морфологически разнящиеся виды могут иметь мало отличающиеся геномы и, наоборот, близкие виды могут сильно различаться генетически. Также не наблюдается соответствие размера генома и уровня сложности биологических организмов — геном некоторых простейших превосходит по размеру геном млекопитающих (так называемый С-парадокс).
