В 2005 году в отношении Киселева, как одного из руководителей «Ренессанс-капитала», прокуратурой Москвы возбуждалось уголовное дело по факту организации хищения акций Михайловского горно-обогатительного комбината на общую сумму 1,6 миллиарда долларов США. Киселев, опасаясь уголовного преследования, скрылся в Лондоне.
В октябре 2005 года глава наблюдательного совета РСПП Александр Шохин, председатель «Деловой России» Борис Титов, руководитель «Опоры России» Сергей Борисов, а также руководитель РАО «ЕЭС России» А.Чубайс подписали заявление в адрес Президента Российской Федерации, в котором вступились за Киселева. В 2007 году дело было прекращено «за отсутствием состава преступления». В 2008 году бизнесмен вернулся в Россию, а в 2009 году принят на работу в ГК «Роснанотех».
С начала своей работы в корпорации Чубайс активно развивает финансирование проектов, реализуемых в других странах, а также создание за рубежом инвестиционных и венчурных фондов.
В 2009 году был создан инновационный фонд нанотехнологий «Роснано-капитал», который зарегистрирован в Великобритании, а офис открыт в Швейцарии. Счет, на который перечислена доля «Роснано» в сумме 1 миллиарда долларов США, открыт в швейцарском отделении американского банка «JP Morgan», где Чубайс является членом Правления.
Распоряжение средствами управляющей компании «Роснано-капитал» поручено швейцарскому гражданину Хансу Бодмеру, в отношении которого правоохранительными органами США проводились следственные действия по его причастности к финансовым махинациям.
«Это серьезное обстоятельство, которое и является препятствием для C Change Investment: американские партнеры не могут завести деньги инвесторов в фонд, которым управляет человек с такой репутацией», — пояснил источник в «Роснано».
В 2003 году, по информации окружного суда США Южного района Нью-Йорка, сударь Бодмер был заключен в тюрьму Южной Кореи по подозрению в даче многомиллионных взяток должностным лицам Азербайджана в ходе приватизации нефтяной отрасли республики (документы есть в распоряжении РБК daily).
По версии следователей, сударь Бодмер таким путем добивался получения согласия на участие компании Oily Rock в приватизации Государственной нефтяной компании Азербайджана. В январе 2004 года Ханс Бодмер согласился на выдачу в США, где на время расследования был освобожден под залог. Также сударь Бодмер подозревался в отмывании денег через счета различных коммерческих банков, которые передавались в виде взяток чиновникам из Азербайджана.

В настоящее время «Роснано» финансирует 19 проектов, которые реализуются либо непосредственно в США, либо совместно с США, а общий объем инвестиций «Роснано» в данные проекты составляет 4 миллиарда долларов США, что, по мнению специалистов, наносит ущерб проектам, заявителями которых являются российские физические и юридические лица. При этом руководством и лоббистами «Роснано» активно продвигается идея создания дочерней структуры в Израиле.
Деятельность «Роснано» по реализации проектов в Российской Федерации постоянно сопровождалась невыполнением плановых позиций, а лохие показатели результатов работы скрывались и прикрывались различными «способами учёта» эффективности вложенных финансовых средств.
Так, например, было заявлено, что в 2011 году 34 проектные компании, созданные при финансовом участии «Роснано», получили выручку от реализации нанотехнологической продукции в объеме более 11 млрд. рублей. Однако, в выступлении заместителя Председателя Правительства РФ С.Б.Иванова на IV Международном форуме по нанотехнологиям сообщалось, что «предприятия, созданные при участии «Роснано», произведут до конца 2011 года продукции на 20 млрд. рублей».
Для сравнения, в соответствии с «Программой развития наноиндустрии в РФ до 2015 года» запланированный объем продаж продукции всей отечественной наноиндустрии в 2011 году – 240 млрд. рублей. Таким образом, реальный вклад «Роснано» в реализацию важнейшего показателя решения задач президентской инициативы «Стратегия развития наноиндустрии» составил в 2011 году менее 5%. При таких результатах представляется неуместным говорить об «эффективности инвестиционной стратегии» «Роснано».