Сначала оно решило обратиться к правительству Гайаны с просьбой захоронить тела в специально вырытом рве. Вопрос о аутопсии даже не поднимался.
Гайанское правительство заявило что на это не пойдет. Тем временем власти США не предпринимали никаких действий по вывозу тел, разлагающихся в тропической жаре, из джунглей. Тогда, после отказа американцев проводить аутопсию, на третий день гайанские власти стали проводить свое полицайское расследование и опознание с помощью выживших колонистов. Некоторое количество экспертиз провел С.Лесли Муту, главный медэксперт Гайаны. На его неоднократные просьбы о помощи американских специалистов ответа не было.
Наконец, когда трупы пролежали под лучами тропического солнца четыре дня, первые сорок трупов были упакованы и отправлены в Джорджтаун. Там они лежали на земле еще несколько дней, дожидаясь прилета "своего" самолета.. Наконец на 10-й день(!) последние трупы были доставлены на базу Довер (штат Делавэр) - как можно дальше от родственников погибших. Там, до аутопсии, без взятия образцов, было проведено бальзамирование.
Наконец, только 15 декабря(!) была проведена экспертиза над Джонсом и еще 6-ю колонистами. Патологоанатомы отметили отсутствие замороженных образцов, взятых немедленно после смерти, на их претензию, высказанную д-ру Круку (ответственному за вывоз тел из Гайаны), тот ответил "у меня не было даже карманного ножа, не говоря о спецоборудовании и средствах для сохранения образцов." Возможно он сказал правду ...но надо вспомнить то обстоятельство, что в Джонстауне была прекрасно оборудованная клиника, и несложно было обратиться к гайанским властям...
Д-р Брайтенекер, вскрывавший Джонса: "бальзамирование тела до вскрытия - серьезный удар по любому расследованию... Оно уничтожает большое количество токсических веществ и ядов и часто делает химический анализ бессмысленным... я не припоминаю, что бы производил серьезное обследование в деле, имеющем национальное значение, или в каком либо другом с меньшей информацией, чем в данном случае..."
Два месяца спустя гайанский патологоанатом д-р Муту, выступая с речью на заседании Академии судебных наук в Атланте, продемонстрировал результаты своих самостоятельных анализов. Его доклад ошеломил 900 присутствующих экспертов. Д-р Брайтенекер, присутствующий там , заявил: "Те из нас, кто был на передовой после кровавого события, до сегодняшнего дня ничего не знали о результатах расследования, проведенных д-ром Муту...Нам стало дурно, когда мы услышали о том, как все было сделано неправильно".
Обследовав лишь небольшую часть трупов, Муту обнаружил что 83 умершим были сделаны инъекции цианистого калия в спину. Он добавил, что не смог продолжить исследование от усталости, нехватки оборудования и полного отсутствия помощи. Подводя итог работы, проделанной американскими военнослужащими, специализированный журнал "Лэб уорд" (солидное издание, предназначенное для директоров лабораторий и судебных патологов США) писал: "Противоречия, несоответствия и сомнения, наличие которых стало очевидным в результате данных интервью, оставляют многие вопросы без ответа. Фактически этот эпизод указывает на плохую организацию правительством США всех операций или намеренное сокрытие им действительных факторов".
Все трупы были сожжены в обстановке строжайшей секретности на военно-воздушной базе Довера.
Невзирая на то, что абсолютно все факты свидетельствовали о убийстве, основные средства массовой информации США, такие как "Нью-Йорк Таймс", "Ассошиэйтед пресс", немедленно назвали трагедию "массовым самоубийством". Газеты, как по команде, в одних и тех же выражениях чернили имя Джонса и колонистов. Этой трагедии посвящена целая серия книг и кинофильмов, к которым ЦРУ приложило свою руку, поощряя авторов этих дезинформирующих материалов.
Сохранившиеся фото и киноматериалы, запечатлевшие лица убийц и последние минуты жертв, так и не были опубликованы. Магнитофонные записи, на которых якобы записаны последние часы Джонстауна и где Джонс призывает всех к "революционному самоубийству", возникшие через продолжительный промежуток времени, скорее всего сфабрикованы задним числом в лабораториях спецслужб США.