Для ДНК-биологии энергия - это загадка, а для Русской биологии - это физическая величина, характеризующая теплоту (в крайнем случае - сама теплота).
Нет никакой загадки. Это Вы загадка для будущих антропологов.
Структура вещества в определенных условиях также может представлять собой энергию - как величину потенциала для будущих физических процессов.
АТФ можно представить, как карточный домик. От порыва ветра его структура рассыпается, приходя в активное движение. Специфика строения каждой "карты" предусматривает осуществления той или иной работы, на пути "к столу" - так энергия тратится от разрушения связей.
Чтобы "домик" построить, нужна энергия - вот она и тратится на создание АТФ.
И загибоны с физикой тут совершенно излишни - мы ведь вещество, структуру рассматриваем. ПОТЕНЦИАЛ.
Физика и химия различаются только подробностью. В частности, химия уделяет больше внимания устройству веществ.[/size]
Ну вот видите - снова не различаете подход к предмету и сам предмет изучения. Обе они изучают вещество, как предмет, это верно. И, да, на разных уровнях. Однако химия изучает вещество в контексте энергии, а физика - энергию в контексте вещества. Под энергией здесь понимается формы и виды движения материи. 
Так как химия рассматривает преимущественно взаимодействия более крупных структур, она и является переходным звеном от физики к биологии. Через физику живое не выразить. А вот через химию уже вполне можно описать физиологические процессы, составляющие фундамент жизни. Поэтому химию исключить никак не получится, хоть узлом завяжитесь.