29 сентября 1939 г. в Варшаву вступили войска нацистской Германии. В то время в городе насчитывалось около 400 тыс. евреев, составлявших приблизительно 1/3 населения. В течение первых же месяцев оккупации немецкие власти провели значительное число антиеврейских мероприятий, опубликовав приказы о принудительных работах, об отличительных знаках на одежде и на магазинах евреев, о конфискации еврейского имущества и т. п. 2 октября 1940 г. немецкие военные власти выделили часть города под еврейское гетто и заключили в него всех еврейских жителей Варшавы и беженцев из провинции. По приказу немецких властей в Варшаве был создан юденрат и председателем его был назначен инженер Адам Черняков, ставший во главе еврейской общины Варшавы за несколько дней до падения города.
До июля 1940 г. в гетто площадью в 2,71 кв. км (включая кладбище) проживало от 400 тыс. до 500 тыс. евреев. В каждой комнате жило в среднем 13 человек, но многие тысячи не имели крова. Время от времени на улицах устраивались облавы на мужчин, способных к физическому труду. Их отправляли в лагеря принудительного труда, где многие из них были убиты после нападения Германии на СССР в июне 1941 г. В гетто, окруженном высокой стеной и изолированном от всего мира, царили безработица, голод и болезни. Однако, несмотря на репрессии и преследования властей, дух евреев Варшавы не был сломлен.
Адам Черняков и многие еврейских общественные деятели делали все, что было в их силах, для облегчения жизни населения. Были организованы тайные ремесленные предприятия, продукция которых нелегально сбывалась в «арийской» части Варшавы. Усиленно работали социальные и благотворительные учреждения и общества взаимопомощи. Продолжала действовать сеть религиозных и светских школ, и даже в иешивах тайно продолжалось изучение Талмуда.
К концу 1940 г. еврейский историк Иммануэль Рингельблюм основал тайное историко-литературное общество «Онег шаббат», поставившее целью сбор секретного архива документов, отражающих жизнь и мученическую смерть польского еврейства. Этот архив был обнаружен после войны. Немало духовных вождей евреев в гетто проявили исключительное мужество духа и готовность к подвижничеству. Так, во время депортации (см. ниже) писатель Хиллел Цейтлин явился на сборный пункт в таллите и тфиллин. Заведующий еврейского дома сирот знаменитый педагог и писатель Януш Корчак возглавил шествие своих воспитанников к поезду, в котором он вместе с ними был отправлен в один из нацистских лагерей смерти.
Важнейшими центрами сопротивления немецким властям являлись еврейские политические организации, которые в гетто продолжали свое существование в подполье. Наиболее активными были сионистская партия По‘алей Цион, сионистские молодежные организации Ха-Шомер ха-ца‘ир, Дрор, Бетар, Гордония, а также Бунд и руководимая коммунистами организация «Спартак». Первая еврейская боевая подпольная организация «Свит» была основана в декабре 1939 г. ветеранами польской армии. Большая часть ее членов были сионистами-ревизионистами. В начале 1942 г. была создана вторая организация такого рода, которая стала известна как Антифашистский блок. В нее входили четыре сионистские группировки: По‘алей Цион, Ха-Шомер ха-ца‘ир, Сионисты-социалисты и Дрор, а также коммунистическая организация. Бунд основал отдельную боевую организацию Самооборона.
В июле 1942 г. начались массовые депортации в Треблинку. Адам Черняков, от которого власти потребовали сотрудничества в акциях депортации, покончил жизнь самоубийством. До 13 сентября 1942 г. были депортированы или погибли в гетто 300 тыс. евреев. Около 35 тыс. евреев, главным образом работавшим на заводах и их семьям, было разрешено остаться в гетто; осталось еще 20–30 тыс. евреев, живших там нелегально. Некоторым членам подпольных организации удалось бежать из Треблинки. Они сообщили лидерам еврейского подполья об участи, ожидавшей депортированных евреев. Тогда была создана Еврейская боевая организация (Żydowska Organizacja Bojowa, сокращенно ŻOB), в которой объединились почти все подпольные военные организации, кроме сионистов-ревизионистов, отстаивавших самостоятельность организации «Свит». Было приобретено небольшое количество оружия, и подпольные мастерские стали изготовлять самодельные ручные гранаты и бомбы.
