Выступал за жесткую позицию в переговорах с Украиной ("Я как министр считаю, что Россия должна увязать заключение полномасштабного договора с подписанием пакета документов по проблемам Черномрского флота РФ, г.Севстополя и Азово-Черноморского бассейна, русского языка, гражданства и соотечественников. В случае отказа Украины подписание договора следует отложить.
На посту главы администрации начал громкую кампанию борьбы с рэкетом на продуктовых рынках, распорядился, чтобы совхозные машины сопровождались от совхозов и до рынков охраной УВД. Утверждает, что этим добился снижения цен на продукты в области.(13) Открыл "губернские аптеки", в которых ввел централизованное снабжение определенным набором лекарств, продаваемых песионерам по льготным рецептам. 18 февраля 1998 голосовал в Совете Федерации против свободной купли-продажи земли.
В конце 1998 года после решения пленума ЦК КПРФ идти на выборы не единым списком КПРФ-НПСР, а "тремя колоннами" (одна из которых - отдельный список КПРФ), посылал Г.Зюганову телеграмму с осуждением такой тактики
В конце 1998 - начале 1999 поссорился с братьями Живило и стал выдавливать МИКОМ с предприятий Кузбасса в пользу структур Олега Дерипаски (к которому перешел Новокузнецкий алюминиевый завод) и министра путей сообщения Николая Аксененко (добивавшегося контроля над КМК). В феврале 1999 г., рассорившись с руководством Кемеровской областной организации КПРФ и председателем ЗС А.Филатовым, в преддверии выборов нового состава ЗС объявил о своем выходе из регионального движения "Народовластие - блок Амана Тулеева" и зарегистрировал новый "Избирательный блок Амана Тулеева".
7 июля 1999 года отказался принять от президента Ельцина орден Почета, заявил, что не может принять награду от власти, которая "ввергла страну в нищету".
27 сентября 1999 подписал заявление 32-х руководителей регионов в поддержку на парламентских выборах блока "Единство" (лидер - Сергей Шойгу), объявившего себя блоком поддержки премьер-министра Владмира Путина.
В октябре 1999 настоял на смещении с поста внешнего управляющего ЗАО КМК ставленника братьев Живило С.Кузнецова (вместо МИКОМ внешнее управление на КМК перешло в руки других кредиторов - МПС и обладминистрации)
6 января 2000 инициативная группа граждан г.Кемерово выдвинула А.Тулеева кандидатом на пост президента РФ на выборах 26 марта 2000. 14 января 2000 Центризбирком зарегистрировал инциативную группу избирателей, выдвинувших А.Тулеева в президенты России. 16 января 2000 в интервью телеканалу НТВ заявил: "принял решение, иду самостоятельно и никому никаких голосов не собираюсь отдавать, в том числе Г.Зюганову" (в ответ на заявление Геннадия Селезнева, что Тулеев призовет своих сторонников голосовать за Зюганова). 28 января 2000 Кемеровский горком КПРФ принял решение не поддерживать А.Тулеева на президентских выборах. 15 февраля 2000 был зарегистрирован Центризбиркомом кандидатом на пост президента РФ. На выборах президента РФ 26 марта 2000 получил 2.217.361 голосов избирателей (2,95%), заняв 4-е место из 11-ти кандидатов (уступив В.Путину, Г.Зюганову и Г.Явлинскому). 8 июня 2000 по инициативе Г.Зюганова был исключен из НПСР решением Координационного совета НПСР. В августе 2000 года был поставлен в известность правоохранительными органами о попытке покушения на его жизнь одной из финансово-промышленных групп. В подготовке покушения были обвинены олимпийский чемпион по биатлону Александр Тихонов и его брат Виктор, заказчиком был назван владелец МИКОМ Михаил Живило . В сентябре 2000 года написал открытое письмо Г.Зюганову, в котором выступил с критикой деятельности КПРФ и НПСР (Текст письма - Труд, 20 сентября 2000).