Вначале его ждала борьба с холерой. В кратчайшие сроки в палаточном городке Хавкин наладил производство своей вакцины. Вместе с помощниками-индусами, кочуя от одной нищей деревни к другой, месяцами не вылезал он из джунглей. Малярия, ядовитые змеи, случайная и непривычная пища - всё это подтачивало даже его могучий организм. Аборигены не всегда встречали своего спасителя дружелюбно. Медицинский шприц с длинной стальной иглой вызывал у них ужас. У Хавкина было одно наглядное средство уговора, и он всегда прибегал к нему: снимал сюртук и на всю длину иглы всаживал шприц себе в живот. После двух лет каторжного труда смертность в охваченных эпидемией холеры районах снизилась на три четверти. Но потом в Индию пришла чума. Из Калькутты Хавкин перебазировался в Бомбей, за три месяца изготовил противочумную вакцину, и 10 января 1897 года испытал ее на себе. Этот день стал днем рождения Индийского национального института имени "махатмы Хавкина", который существует и по сей день, изготавливая миллион доз вакцин и сывороток, спасая людей от холеры, чумы, тифа, бешенства, столбняка и других болезней. Начав свой путь в Бомбее, противочумная вакцина Хавкина получила распространение во всем мире. За сорок лет были привиты и убереглись от смерти более тридцати пяти миллионов человек. "Не сомневаюсь, что придет день, когда один из моих учеников остановит чуму", - сказал Пастер.
Этим учеником стал Владимир Хавкин. Он лично сделал несколько десятков тысяч прививок против холеры и чумы, одновременно обучив этому делу многих своих помощников. В Индии он был на положении божества, которому поклонялись, называли "великим белым исцелителем". Государственная почтa Индии выпустила в обращение почтовую марку с его портретом.
Выйдя на пенсию в 1915 году, Владимир Хавкин вернулся из Индии в Европу. В том же году он был приглашен как консультант в военное ведомство Великобритании. Физическое же состояние этого здоровяка пришло в упадок, он стал ипохондриком и затворником. Всю жизнь учёный жил и трудился для счастья всех людей, не создав для себя ни семьи, ни богатства. Во второй половине 20-х годов победитель холеры и чумы поселился в Лозанне, на берегу Женевского озера.
Именно здесь он обратился к вере отцов, которую отвергал в молодости и о которой задумался в зрелые годы. Синагога Лозанны помнит и чтит его. За год до смерти он завещал всё свое состояние, 500 тысяч долларов, на создание фонда для поощрения молодых талантов в еврейских религиозных школах Восточной Европы. Фонд Хавкина существует до сих пор. Умер великий ученый 26 октября 1930 года. Похоронен в Лозанне на еврейском кладбище.
А в Израиле, в районе Леса мира имени Кеннеди, на одном из иерусалимских холмов шумит листвой названная его именем роща - живой мемориал великому бактериологу Мордехаю-Зеэву Хавкину.