Думаю, если бы целью советского государства было уничтожить религию, её бы уничтожили, как белые американцы индейцев. Времени на это было вполне достаточно.
Думаю, настоящей целью не было насильственное уничтожение религии, а было постепенное атеистическое воспитание, то есть, не насильственно. Именно поэтому церкви не стрёли с лица земли так же революционно, как смогли стереть царизм и в большой степени капиталистическую систему. Думаю, главной задачей было - полноценное отделение церкви от государства и от мирской власти, чтобы церковь не участвовала прямо в делах кесаря и не пользовалась кесаревыми и капиталистическми налогами с народа, а только легальными средствами на хозрасчёте занималась нравственным воспитанием народа. Ведь многие нравственные лозунги коммунистов совпадают с христианскими.
Если же кто-то выступал против власти, то, как и всякая власть, которая должна уметь защищаться, она от таких людей защищалась, причём вне зависимости от их религиозности. Разве только верющие подвергались репрессиям? Если верующий начинал вести борьбу и пропаганду против власти, то вера его не освобождала от отвественности и не давала поблажки. Только за веру, без антисоветских действий, по закону не должно было быть никаких репрессий. Вот и весь принцип.
Однако, известно, что ничто идеально не проходит при революционных переменах. Полно произвола на местах, полно зарвавшихся деспотов, пристраивающихся к власти бесчестно. Потому многие верующие стали жертвами незаконного беспредела, будучи вполне лояльны к власти. Точно так же, как пострадали простые и даже бедные крстьяне во время раскулачивания, совершенно никогда не будучи кулаками. Термин "раскулачивание" в самом названии содержит смысл, по отношению к кому принималась эта репрессивная мера. Но в реалиях идеальной законности не было, был авторитарный произвол на местах, примерно, как сейчас коррупционный произвол чиновников, не смотря на всю незаконность коррупции и воровства.
Вот потому пострадало много невинных верующих, ровно так же, как пострадало много невинных крестьян и народной интеллигенции. Это вообще свойсто революций, слишком резких социальных перемен, типа шоковой терапии. И это не вина советской идеи, а вина именно шоковых перемен и сопутствующего хаоса (не достаточной сформированности нового управления), которым всегда пользуется всякая корыстная мразь. Как и сейчас.
Что касается полноценного отделения церкви от государства, то считаю это очень положительным фактором для церкви, для её очищения от тех, кому важна не вера, а корыстные преимущества близости к власти и иным привилегиям.
Само же, пусть и в обход закона, потворствование атеизму (не равные возможности), считаю тем отрицательным фактором, который сыграл большую роль в том, что социализм оказался не способен себя защитить перед агрессией капиализма в трудный период. У народа и власти не оказалось той твёрдости и силы духа, которая насмерть может стоять за справедливую идею и которая присуща настоящей вере и её нравственной стойкости. С непревзойдённой помощью Божией.
Конечно, многие христиане могли отрицательно относиться к революционным средствам насилия вообще и не желать участвовать в насилии и крови. Однако, надо понимать, что это не есть протест самой системе социального устройства, а только протест средствам насилия, особенно, не разборчивого, со множеством несправедливости. Можно быть лояльным к власти, как управлению социальной системой, и при этом быть против насильственных несправедливых действий конкретных людей. Но как раз это и проивзодит нравственное очищение общества на тонком и глубинном уровне, выгодное справедливой социальной системе. Без такого постоянно очищения на уровне конкретных людей система накапливает человечскую грешную грязь, которая обязательно выливается в разрушение общества и системы.