Вариант афера является единственно правильным употреблением.
Вот как выпустят новую ЭНЦИКЛОПЕДИЮ, где будет написано "афера", сразу начну переучиваться.
Итак, правильно: афера, от французского affaire — «дело», а точнее, от его жаргонного смысла: «дурное дело, неприятность». Даже по-французски оно произносится без ё: [аффэр].
Можешь говорить и по-французски, с прононсом. Если умеешь. Можешь даже слово Таллин говорить с двумя Н, а Рига - через три Г.
Тем не менее, норма «афёра» некоторое время всё же была в ходу и даже встречается в Большой советской энциклопедии. Несмотря на это, современные словари не рекомендуют использовать этот вариант.
Повторю еще раз. Вот как выпустят новую БОЛЬШУЮ РУССКО-ПУТИНСКУЮ ЭНЦИКЛОПЕДИЮ, где будет написано "афера", сразу начну переучиваться.
"Афёра" встречается ещё и в Большом толковом словаре русского языка, что уже о чём-то говорит.
"АФЕРА; (разг.) АФЁРА, -ы; ж. [франц. affaire - дело].
Рискованное, мошенническое дело; сомнительная сделка с целью наживы. Мелкая, крупная а. Пускаться в афёры."
Большой толковый словарь русского языка.
Гл. ред. С. А. Кузнецов.
Первое издание: СПб.: Норинт, 1998.
Публикуется в авторской редакции 2009 года.
А вот идентЕфицировать я что-то ни в одном словаре не встречал.