...толпа матросов — диких, озлобленных на глазах у «главковерха» Крыленко растерзала генерала Духонина и над трупом его жестоко надругалась.
Тут скорее всего есть одна из косвенных причин - 19 ноября Духонин распорядился освободить из тюрьмы в Быхове генералов Корнилова, Деникина и других лиц, арестованных после корниловского мятежа. И по городу распространились слухи, что генерал Корнилов со своим полком идёт на Могилёв. вот кому это было выгодно.... и слухи и последующие события...
Ну и какой тогда главковерх был Крыленко - если его в куй не ставил никто? 
Дело было не в пленных Корнилове и Деникине, дело было в том что на телеграмму-требование немедленно начать мирные переговоры с немецким командованием, Духонин грубо говоря послал ленинцев, как ты говоришь на куй.
Вот и последовал указ о смещении главковерха Духонина и постановке на эту должность прапорщика Крыленко.
Духонин демонстративно вышел встречать новоиспечённого главковерха без личной охраны, а Крыленко приняв рапорт кивнул своей охране, мол действуем как и договорились.
ДУХОНИН Николай Николаевич (01.12.1876-20.11.1917) Полковник (1911). Генерал-майор (06.12.1915). Генерал-лейтенант (1917). Один из организаторов контрреволюционных сил в России в 1917 году. Окончил киевский Владимирский кадетский корпус, 3-е Александровское военное училище (1896) и Николаевскую академию Генерального штаба (1902). Участник Первой Мировой войны: командир 165-го пехотного Луцкого полка, 1914 — 12.1915; помощник генерал-квартирмейстера Юго-Западного фронта, 12.1915—06.1916; генерал-квартирмейстер штаба 3-й армии Юго-Западного фронта, сменил Бонч-Бруевича; 06.1916 — 06.1917. Начальник штаба Юго-Западного фронта, 06— 08.1917. Начальник штаба Западного фронта; 08—10.1917. Начальник штаба Верховного главнокомандующего (Керенский); преемник генерала Алексеева; 10.09—01.11.1917. И. о. Главнокомандующего Русской армией (после бегства Керенского); 01.11 — 09.11.1917. Снят за отказ вступить в переговоры с австро-венгерскими военными представителями по заключению мирного договора, как этого требовало Советское правительство (начальником Генерального штаба стал Крыленко). Успел отдать 19.11.1917 приказ об освобождении из Быховской тюрьмы участников Корниловского мятежа. Арестован и убит 20.11.1917 матросами из отряда Крыленко, который прибыл в Могилев (Ставка Главкома) для замены и как преемник Духонина на посту Главкома.
Использованы материалы кн.: Валерий Клавинг, Гражданская война в России: Белые армии. Военно-историческая библиотека. М., 2003.