Разработка боезарядов для решения проблем, стоявших перед системами ПРО, достойна отдельного замечания. Для решения этой задачи потребовалось разработать специальные бустированные (т.е. усиленные за счет инициирования термоядерных реакций уже в процессе обжатия ядра заряда - "термоядерные" нейтроны, благодаря своей высокой энергии, эффективно взаимодействуют с ядрами делящихся материалов) заряды в существенно асимметричной конфигурации. Научная проблема, которую необходимо было решить в ходе разработки, была связана с необходимостью исправления исходной асимметрии в процессе имплозии центральной части ядерного заряда при его срабатывании и обеспечением устойчивости бустерного режима. Эта фундаментальная проблема была успешно решена во ВНИИЭФ под научным руководством Р.И.Илькаева. В 70-80-е годы XX века во ВНИИЭФ в интересах проработки возможностей создания отечественной ПРО под научным руководством Ю.А. Романова, Е.М. Рабиновича, В.Ф. Рыбаченко были созданы и испытаны специальные ядерные заряды с уникальными характеристиками по широкому спектру поражающих факторов ядерного взрыва, в том числе и с существенно более высоким удельным выходом нейтронов на единицу энерговыделения по сравнению с обычными ядерными зарядами (т.н. "нейтронные" боезаряды). От конструкторов этими разработками руководили Е.Д. Яковлев и В.Д. Харькин (КБ-1 ВНИИЭФ). В числе созданных таким образом зарядов находится и специальный ядерный заряд АА-84 для противоракеты 53Т6 (по ряду данных, мощность изделия - 10 кт). Боеприпас для данного ядерного заряда и соответствующие системы автоматики были созданы в КБ-2 ВНИИЭФ под руководством С.Г. Кочарянца. Следует отметить, что в интересах разработки зарядов для ПРО и ПВО страны было проведено более 50 ядерных испытаний и был наработан уникальный научно-технический потенциал, который и до сего времени является базой, как конструирования новых термоядерных зарядов, так и тестирования интенсивно развивающихся математических методов моделирования. Испытания ядерных БЧ противоракет 53Т6 проводились на Семипалатинском полигоне, на спецобъекте "108-к", где находились испытательные штольни для ВНИИЭФ и ВНИИТФ. Вместе с тем в 1989-1990 гг. в рамках программы «Самолет-М» проводились испытания ПР и с неядерной осколочно-фугасной ГЧ направленного типа.
ТПК с ПРС-1/53Т6 установлен в ШПУБазирование противоракет - групповое (группа состоит из 12 или 16 ШПУ, расположенных в нескольких десятках метров друг от друга) в шахтных ПУ разработки ГСКБ "Спецмаш" под руководством В.Бармина (разработка начата в декабре 1971 г.), в стеклопластиковых ТПК (см. предполагаемую схему) . Защитное устройство ШПУ раздвижного типа, массой 25 т, из 2 частей (см. фото1, фото2) . По некоторым сведениям, скорость отстрела крышки ШПУ - 0,4 с. Создание ШПУ для данных ПР было трудным заданием - необходимо было обеспечить выход стартующей ПР из шахты в течение одной секунды после получения команды на пуск. Это осуществлялось благодаря: высокой тяговооруженности ракеты, во много раз превосходящей тяговооруженность МБР аналогичного класса; обеспечением раскрытия защитного устройства (крыши) шахты, имеющего значительную массу, за доли секунды, и выдачи сигнала об этом в систему управления пуском ПР; созданием системы температурно-влажностного режима в стволе шахты для обеспечения длительного хранения ТПК с твердотопливной ПР и спецзарядом. ТПК в ШПУ амортизирован. Строительство ШПУ начато на позициях под Москвой в 1980 г. С 1982 г. велся монтаж оборудования, предварительная готовность - 1985 г.