Лесной тарпан был истреблён в Центральной Европе в Средневековье, а на востоке ареала – в XVI-XVIII веках, и считается, что последний лесной тарпан убит в 1814 году на территории современной Калининградской области.
А из приазовских, кубанских и донских степей тарпаны исчезли ещё в конце XVII – начале XIX веков. Дольше всего степные тарпаны сохранялись в причерноморских степях, где они были относительно многочисленны ещё в 1830-е годы.
Но и на Украине тарпаны сохранились лишь до второй половины XIX века, к 1860-м годам остались лишь их отдельные табуны, а в декабре 1879 года в таврической степи у села Агайман, в 35 км от Аскании-Нова, был убит последний степной тарпан в природе.
Бывали случаи, когда степные лошади, особенно кобылицы, приставали к стаду тарпанов, а тарпаны-жеребцы сами отбивали самок из табунов домашних лошадей.
Местные жители на Украине, в Оренбургском крае и всюду, где водились тарпаны, не любили их, и не только потому, что те часто уводили из табуна домашних кобыл.
Тарпаны травили посевы, а зимой иногда начисто поедали сено, заготовленное поселенцами в степи и сложенное в стога.
Тарпанов всюду безжалостно истребляли, подстерегая у водопоев или у стогов с сеном.
И чем больше заселялись южные степи, тем в больший конфликт вступали люди с тарпанами. Биолог В.Г. Гептнер писал: «…Тарпан был обречен на гибель самим ходом экономического развития страны…». Финал наступил гораздо быстрее, чем ожидали даже самые неисправимые пессимисты – если ещё в начале XIX века на юге Украины и в Крыму «топтали ковыль» многочисленные табуны тарпанов, а в 1879 году погиб последний вольный тарпан…
В неволе тарпаны прожили еще некоторое время. Так, в Московском зоопарке до конца 1880-х дожила лошадь, пойманная в 1866 году близ Херсона.
t3Помесь тарпана с домашней лошадью. Московский зоопарк, 29 мая 1884 года
Последний жеребец тарпана умер в 1918 году в имении близ Миргорода в Полтавской губернии. Ныне череп этого тарпана хранится в Зоологическом музее МГУ, а скелет – в Зоологическом институте Ленинграда.
Лесные тарпаны, жившие в зверинце в польском городе Замостье, в польской части Беловежской Пущи, были розданы крестьянам в 1808 году.
В результате свободного скрещивания с домашними лошадями они дали так называемого польского коника – небольшую серую лошадку, похожую на тарпана с тёмным «ремнём» на спине и тёмными ногами.