Ваш оппонент имел в виду несколько иное, а именно - метафизика, как основа-основ, была с течением времени отвергнута наукой.
Как ни парадоксально прозвучит, наука не отвергла метафизику, а выросла из нее!
Картина примерно такая: по мере того, как устанавливались причинно-следственные связи в окружающем человечество мире то, что называлось наукой, заменяло собой положения того, что называлось метафизикой. Соответственно менялся и смысл понятий наука и метафизика. Строго говоря, в древнем мире единственной наукой была ФИЗИКА (которая в себя тогда включала и геометрию, например), а всё, что было необъяснимо наукой (тогда - "физикой"), объяснялось метафизикой (тем, что "за" наукой, сверх нее). С тех пор соответствующие объемы знаний весьма существенно сместились в сторону "науки", которая уже не только физика, но и химия, биология, география, социология и т.п.
Совсем уж строго говоря, современной метафизике осталось лишь "поле" социологии, и то лишь потому, что закономерности развития человеческого общества (социума, от которого и название социология) не устраивают власть имущих. НАпример, кого из имперцев устроит положение, что все империи рано или поздно распадаются? Имперцами выгоднее сделать вид, будто такого положения не существует - вот и подставляют они вместо науки метафизику, чисто в своих собственных корыстных целях.
