Вижу, как вижу и ваше непонимание ситуации и философии в частности.
1) С точки зрения материализма - никто ни на чего отвечать не должен. Материализм вообще не об этом. Тут вопрос теории познания и философии науки. На ответах на вопросы "Что, Как и Почему? " настаивают и чистокровные идеалисты. Эдак, я сделаю вывод, что вы, батенька, идеалист.... 
Уважаемый Alexpo, не выставляйте на показ именно свое "непонимание ситуации и философии в частности".
Вопрос познания один из основных вопросов философии в целом и материалистической философии в частности.
Не надо пытаться отделить тории познания от философских концепций.
Не надо пытаться выделять некую отдельную философию науки.
Есть материализм со своим взглядом на познание и есть множество идеалистических концепций со своими взглядами на познание.
Да многие идеалистические концепции требуют в познании ответа на вопросы: Что? Как? Почему?
Но позитивисты, здесь, в силу своего агностицизма, отличились, выбросив вопрос "Почему?" и этим моментально отмежевались в вопросе познания от материализма.
Предлагаю Вам обратится к истории критики материалистов позитивизма.
2) Ограничение ответами Что и Как? никак не противоречит материализму. Также как ваше (и моё тоже) незнание многих лингвистических законов и нюансов не противоречат тому, что мы говорим на русском языке.
Противоречит ох как противоречит.
Так, как это ограничение позитивизма основано на агностицизме и признании принципиальной непознаваемости мира.
А агностицизм это уже идеализм в познании.
3) Позитивизм, вовсе не отказывается от ответа на вопрос "почему?" (я тем более) - это ваше большое заблуждение, связанное, видимо, с тем, что вы не вникли в суть проблемы.
Почитайте больше позитивистов и критику позитивизма.
Отказ от вопроса "Почему?" - принципиальная мировоззренческая позиция позитивизма.
То что Вы, по Вашим словам, не отказываетесь от вопроса "Почему?", еще не говорит, что Вы материалист. Вы элементарно пытаетесь усидеть на двух стульях - идеализма (позитивизм) и материализма.
Позитивизму вообще свойственно рядится под материализм, как и многим иным идеалистическим концепциям.
А проблема проста. Физика ушла в такие дебри микромира или макромира, где вся получаемая информация - есть измеряемые посредством приборов величины, часто мы имеем косвенные данные, что единственное, что мы имеем - это математические модели явлений и построенные на их основе представления.
Верность или неверность этих представлений утверждать очень трудно, практически невозможно, поскольку у нас нет понятий о том что там происходит вне этих моделей, а именно они отвечают за то "почему?", которые вы хотите услышать. Поэтому единственно корректным вопросом, на который способна строго ответить наука в этом случае становится вопрос о верности модели реальному миру. Все остальное будет оставаться дишь интерпретацией, имеющей ту или иную степень вероятности. Вот и все.
Вы правы. Проблема проста.
Суть проблемы идеализм в виде позитивизм в науке.
Именно этот фактор заводит науку в идейный и теоретический тупик. Все далее и далее.