Что касается натурфилософии, то тут не надо выдумать новое, а просто историю посмотреть.
Когда-то физика - это было философское направление, рассматривавшее основные и наиболее фундаментальные законы природы. Галилей с Ньютоном попытались отделить физику от философии, так чтобы она имела большее прикладное значение. Но это всё равно была наука об общих закономерностях в природе, поэтому где-то до 18 века под натурфилософией видимо понимали изучение основных законов природы с помощью экспериментов, а философию естествознания как бы от собственно эксперимента отодвинули. В начале 19 века появились первые позитивисты, которые практически сказали, что философствование - это вообще херня, думать не надо, а надо экономить мышление. В основе науки должен лежать чистый эксперимент. Ну а раз философия - херня, то и философы не нужны. Наука блин сама себе философия. С середины 19 века этот бред всерьёз вопринял физик Мах, а потом филоснёй по поводу науки стали заниматься все кому не лень - физики, химики, математики. В итоге эта шобла сообща сочинила некий эклектический бред - "второй" позитивизм. В нём крайний эмпиризм смешали с крайним рационализмом на почве агностицизма.
Натур философия или философия естествознания - это по сути есть метанаука. Философы не ставят экспериментов, но они наблюдают как это делают физики и пытаются сформулировать наблюдаемые ими различные методологические принципы используемые в науке и составляющие научный метод. Они видят различную методологию и как наиболее общие положения методологии - различные мировоззрения. Физики на это не способны и поэтому они просто тупо не заметили, как перешли от методологии стихийного материализма к методологии "второго" позитивизма, отрицающего существование объективной реальности (взятое Махом от Беркли) и причинности вместе с объективностью (от Юма).
И когда конформистское большинство в физике всерьёз восприняло позитивистский лозунг "наука - сама себе философия" натурфилософия и ёкнулась как наука наук. Но где-то во второй половине 20 века в философии после саморассасывания позитивизма всё-таки опять возник интерес к методологии. И сейчас аспирантам читают курс Истории и философии науки, то есть натурфилософии. И нам осталось только добиться от философов, что бы они перестали наконец облизывать физиков и объяснили аспирантам, что позитивизму как философии науки есть альтернатива - реализм. Ну а физическая теория естественно зависит от того, какую методологию и мировоззрение имеют авторы физических теорий.
Эйнштейн сам признавался, что в некотором роде есть философский оппортунист, на деле он просто в философии как выяснилось ничего не понял. И поэтому тупо бессознательно воспользовался методологией "второго" позитивизма, то есть философской каши из воззрений махизма и конвенционализма.
В результате на протяжении ста лет люди в статьях, на всяких форумах пытаются понять и типа "объяснить" друг другу, а что там такое на самом деле Эйни насочинял... но бред объяснить нельзя. Его можно либо сразу не принять, либо начать бредить вместе с Эйни и тогда в этом бреду естественно никаких парадоксов не заметишь